社記によれば最初に創建されたのは、1199～1210年、波根西大津平山が最初の御鎮座地であったとされています。

しかし、1544年(天文13年)の冬、天災が起こり社殿はことごとく倒壊してしまいます。(天災が何であるかは記録に残っておらず不明)

1546年(天文15年)羽根弾正忠(本姓富永氏)により波根東神子地(現・上川内)の小谷山麓に再建されます。

その後1555年(永禄12年)に宮山東に奉遷の後、1578年(天正6年)現在の鎮座地へと奉遷されます。

当時は、波根東村、波根西村、朝倉村、仙山村、山中村、才坂村、神原村の七村の総産神であり、それぞれの村に神社本殿がご鎮座していたものの、八幡宮の神域内に六社の御神霊を祀っていました。

明治初年に、各村それぞれの氏神となりました。